Les choses ont beaucoup évolué pour Don Camillo et Peppone : l'un est désormais Evêque au Vatican, alors que l'autre s'est glissé sous les traits d'un sénateur.
Mais quand Peppone annonce qu'il veut construire une Maison communale dans leur village d'origine en lieu et place d'une vieille chapelle, le sang de Don Camillo ne fait qu'un tour.
Les deux hommes se retrouvent à nouveau pour en découdre.
Dans un petit village irlandais, des moines se sont éloignés des pratiques religieuses prônées par le Vatican pour adopter des pratiques obsolètes et intégristes. Le prêtre Kinsella est missionné par le Vatican afin de remettre sur le droit chemin ces moines qui rassemblent de nombreux partisans…
Le film raconte l'histoire du scandale du Banco Ambrosiano, principalement liée à la figure de Roberto Calvi. Le scandale Clearstream s'est révélé comme un cas d'affaires complexes impliquant la Finance mondiale, le Vatican, la Loge Maçonnique P2, les Services Secrets italiens, la politique, la Mafia et la Banda della Magliana.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, Kurt Gerstein, un officier SS allemand, épaulé par un jeune jésuite, Ricardo Fontana, tente d'informer le Pape Pie XII et les Alliés du génocide des Juifs organisé par les nazis dans les camps de concentration.
Rome, 1867. Déjà drastiquement réduit par l'unité italienne, le pouvoir temporel du pape est désormais contesté au sein même de la ville éternelle, où les patriotes libéraux sont de plus en plus actifs. Juge au tribunal du Sacré Collège, Monseigneur Colombo songe à démissionner. Mais une vieille amie, la comtesse Flaminia fait appel à lui pour sauver la tête d'un jeune patriote arrêté après un attentat à la bombe contre une caserne de zouaves pontificaux. Colombo s'efforce de sauver la situation, d'autant que la victoire libérale semble inéluctable et que le jeune conspirateur n'est pas étranger à un bref moment d'égarement qu'il a eu vingt ans plus tôt avec la comtesse...
Après la mort du Pape, le Conclave se réunit afin d’élire son successeur.
Plusieurs votes sont nécessaires avant que ne s’élève la fumée blanche. Enfin, un cardinal est élu ! Mais les fidèles massés sur la place Saint-Pierre attendent en vain l’apparition au balcon du nouveau souverain pontife.
Ce dernier ne semble pas prêt à supporter le poids d’une telle responsabilité. Angoisse ? Dépression ? Peur de ne pas se sentir à la hauteur ?
Le monde entier est bientôt en proie à l’inquiétude tandis qu’au Vatican, on cherche des solutions pour surmonter la crise…